при закрытии ворот на основе почему не закрываются ворота в колониях?
и возможности их закрыть отдельно нет
или я чего то не досмотрел?

И не должно быть, когда вы открывали колонии разве ворота были закрыты?

в сфере ворота могут закрываться только на основной (домашней) соте.
если нужно на какое то время защититься от нападений, то есть возможность активировать Силовой Щит (его можно построить где нить в нейтрале на колонии), но надо иметь ввиду, что его активация полностью замораживает все процессы на ваших сотах.

еще можно купить Защиту богов - всё работает, ни кто напасть не может, отключена торговля, вы нападать не можете.